Som en følge af DEFFs strategi i perioden 2003-2006 var der seks programgrupper. Disse blev etableret som ramme for de aktiviteter der skulle realisere DEFFs vision. I menuen til venstre findes der information om fem af grupperne. Information om den sjette gruppe - licenser - kan findes under licenser i menuen foroven. 

Programområderne Licenser og E-publicering skulle udbygge samarbejdet om det indhold forskningsbibliotekerne tilbyder brugerne. Derudover var der tre indsatsområder med fokus på de tekniske rammer om indholdet nemlig Systemarkitektur, Portaler og E-læring. Endlig var der indsatsområdet Brugerfaciliteter der fokuserede på tilgængelighed og brugervenlighed for slutbrugeren.

Det var programgrupperne der planlagde og gennemførte hovedparten af de konkrete aktiviteter inden for DEFF og selve programgrupperne. Formændene for programgrupperne var udpeget af Styregruppen, og det var formanden for den enkelte programgruppe, der havde ansvaret for sammensætningen af programgruppen. Denne bestod typisk af 5-8 medlemmer.

Programomgrupperne omfattede en række projekter og udviklingsopgaver inden for IT, forskning, uddannelse og biblioteksudvikling. Det overordnede formål med disse aktiviteter var at forbedre anvendelsen af IT med henblik på at understøtte forskning og uddannelse.

Projekterne skulle bidrage til realiseringen af visionen for DEFF og være i overensstemmelse med DEFFs mission.